Aber es genügen für das Upgrade erfreulicher weise ein paar Dateien, siehe List of Files Revised:

wp-includes/version.php
xmlrpc.php
readme.html
wp-admin/includes/update-core.php

Siehe dazu auch WordPress 3.0.3 DE-Edition und Upgradepaket.
Wenn die alten Dateien durch die neuen überschrieben wurden, liest man zwar, dass man Version 3.0.3 benutzt, aber es kommt noch immer die Aufforderung zu einem Update auf 3.0.3
Ein Klick auf “dieses update überspringen” unter Aktualisierungen genügt, um die Aufforderung zum Schweigen zu bringen.

“Mein” HTML und CSS blieb also gültig. 😉